В общем... Можно попробовать зайти в сейв, ещё раз сохраниться про запас, потом этот созданный "резевный" сейф открыть через Save Editor CyberCAT и в строке holo_v_calls_elizabeth_start_count (или в другой похожей - там строк со звонками Элизабет много) поставить значение 2, если там стоит иное (такое у меня сейчас уже после прохождения всей этой квестовой цепочки, поэтому и предполагаю, что значение должно быть таким и это количество всех звонков) и смотреть изменится ли что-то в квесте.
Если не ошибаюсь, то вся эта цепочка этих квестов называется "sq012", но она
очень длинная и там куча стадий.
Либо всё получится и стадия пропустится дальше, либо ничего не произойдёт, либо закроется такая же стадия, но из другого квеста с участием звонка Элизабет, либо может не сработать следующая стадия, либо эта стадия не та. В худшем случае сейв, разумеется, придётся сносить.
Если хотите - попробуйте ковыряться на свой страх и риск, но лишний раз стадии в квестах лучше не трогать - может выйти боком и потребоваться, но быть неактивны, либо вовсе отсутствовать на своём месте различные объекты/вещи/нпц, либо не запуститься следующие ключевые стадии, звонки или смс уже от других нпц.
Имхо, проще забить на квест и либо сделать при следующем прохождении, если оно будет, либо ждите патча, а там уже видно будет, что делать.