Не знаю что именно происходило в этот период времени, это уже пусть какие-нибудь гуру лора КП рассудят.
Но если предположить, то следующее: Джонни продолжал мстить Арасаке. Альт тем временем была заточена в их подсети и возможно побоялась, что тот устроит в итоге что-нибудь такое, в результате чего подсеть уничтожится вместе с ней (ну допустим из-за диверсии, в результате которой могла пострадать какая-нибудь серверная). В итоге решила сообщить ему, что она в их сети, пусть перестанет их кошмарить и забудет про все.
Просить спасать не стала, т.к. по сути из-за Джонни вроде как она и лишилась тела, когда тот ее отключил. Видимо не верила, что тот сможет ее спасти.
Ну это мое объяснение, повторюсь, не знаю точно как там на самом деле.
