twitterで質問をしてみたところ、回答がありましたので転載します。
ggameさんより（@ggame73972743）
妖婆を生成した場合は、初期値になるのは仕様だと思います。
ウーマなどの生成カードでも同じになるはずです。
イメージとしては、生成はデッキ外から新たに追加したカードです
妖婆の配備回数が増えるのは「プレイした時点での手札及びデッキ内の妖婆カード」です
そのため、生成した妖婆は一回の配備効果しかないです
一方、生成した妖婆で、手札及びデッキ内の妖婆カウントは増えているはずです
上記の仕様だとして、
「生成するカードも既存のプレイ回数を反映して欲しい」という話しは
前にもあったような気がします
しかし、全体のバランスを考慮してこのような仕様になっていると記憶してます