Вы про автоматический перемол карт?
Если да, то у меня было порядка 20 дублей карт и они перемололись корректно, без ошибок как показывали на скриншотах посетители форума из других тем.
То что написано ниже лишь мои личные предположения.
К сожалению не могу проверить работу автоперемола при сверхбольшом количестве запасных карт (от 100 и выше). Могу предложить единственный на лично мой взгляд (неудобный) вариант на данный момент, который может прийти в голову, это - перезахождение в игру и постепенный перемол по 100-250 карт. Понимаю что это может вызвать некий дискомфорт при очень больших запасах, но тут так выходит. Либо подождать фикс-патча, либо пробовать писать техподдержке.
То есть вы вправе не прислушиваться к этому совету в абзаце выше, т.к. даю его "вслепую" не имея достаточного набора копий карт для теста. Лишь на основании отзывов посетителей форума и для надежности лучше подождать официального патча-исправления.