Ulepszenia zaznaczasz takie jak masz do wyboru i chęci podczas instalacji moda. Poziom trudności wybierasz rozpoczynając grę od zera. I on się nie zmienia.
Natomiast eliksiry zmieniające poziom trudności są ukłonem w stronę graczy, którzy nie chcą się nadmiernie irytować podczas walki z bosami, czy w szczególnych lokacjach z potworami. I zamiast kombinować i próbować kilka, kilkanaście razy, czy cierpliwie rozwijać postać i wracać potem do trudnych etapów gry - chcą załatwić sprawę "z marszu", a przy tym nie chcą zaczynać gry od nowa na niższym poziomie trudności. Pamiętać jedynie należy, że eliksir działa w lokacji, w której został wypity. Przykład. Walka z Magistrem i Azarem na bagnach po wyjściu z wieży. Jeśli wypijemy eliksir wewnątrz wieży - po wyjściu z niej już nie działa - będzie tylko efektem placebo podczas walki z ifrytem i dwójką Magister&Azar. Zadziała natomiast kiedy wypijemy go podczas czy przed walką z Ifrytem po wyjściu z wieży. Obniży to poziom lokacji do tego jaki eliksir wypiliśmy i po załadowaniu dalszej części fabuły (dom Triss i dalej) poziom znowu będzie taki jaki wybraliśmy podczas rozpoczynania gry.
Więc jeśli dobrze zrozumiałem pytanie to nic nie trzeba zmieniać. Raz wybrane podczas instalacji i rozpoczęcia gry będzie do jej końca, chyba, że w między czasie sam to zmienisz pijąc stosowny eliksir i pamiętając, że eliksir zmieniający poziom zmienia go tylko w lokacji w jakiej go zażyłeś.